EzCatDB：検索ページ・マニュアル
EzCatDB データベースについてEzCatDBデータベースでは、酵素立体構造情報、文献情報などに基いて、酵素触媒機構を階層的に分類しています。各酵素エントリーには、酵素番号(EC number)、PDBエントリー、触媒部位、リガンド情報や文献情報、触媒機構に関する情報、他のデータベース(Swiss-prot, CATH, KEGG, PDBsum, PubMed, CSA & MACiE)へのリンクがはられています。検索ページ・簡易マニュアル酵素名、EC番号、立体構造の種類・スーパーファミリー（CATH）、触媒残基の種類、他のDBのデータIDとリンク（PDB、Swiss-prot、KEGGなど）、リガンドの名前・種類・結合状態、基質・産物・補因子、文献情報（PubMed ID、著者名、キーワード）、触媒機構分類（RLCP）情報の有無など様々な条件を組み合わせて検索できます。注意：何も指定せずに、“Search”ボタンをクリックすると、登録されている全ての酵素の一覧が表示されます。 従って、下記のデータベースのアクセッションIDなどで検索ができます。 UniProtKB: 蛋白質配列の知識データベース（欧州バイオインフォマティクス研究所）。 KEGG: 京都大学化学研究所による酵素および化合物データベース。 CATH: 蛋白質立体構造の階層分類データベース（ロンドン大学）。 PubMed: オンライン文献データベース（米国 NCBI）。 PDB関連データベース： PDB: Protein Data Bank. （蛋白質立体構造データベース；PDB）。 PDBsum: PDB データの要旨データベース（欧州バイオインフォマティクス研究所） PDBj: 大阪大学蛋白質研究所によるProtein Data Bank Japan (PDBj)。 また、下記のデータベースとのリンクの有無などでも検索ができます。 Catalytic Site Atlas (CSA): 酵素触媒残基データベース（欧州バイオインフォマティクス研究所）。 MACiE: 酵素反応データベース（ケンブリッジ大学）。 検索の具体例下図に、具体的な検索例を示します。“EC 3.2.1.-（糖加水分解酵素）”で、α蛋白ドメイン構造（CATH 1.-.-.-）を持ち、触媒残基としてグルタミン酸（GLU）を、補酵素として2価の金属イオンを持ち、RLCP分類を含む（include選択）エントリを選択し、“Search”ボタンをクリックすると、該当する酵素のエントリの一覧が表示されます。 それに対して、何も選択・記入しないで、“Search”ボタンをクリックすると、EzCatDBに含まれる全ての酵素の一覧が表示されます。 
4件のエントリーがヒットし表示される。 
（参考） CATH：蛋白質ドメイン構造・階層分類EzCatDBでは、蛋白質の立体構造分類は、 ロンドン大学のOrengo教授によるCATH 構造分類データベースに基いています。このデータベースでは、蛋白質ドメインを４階層（クラス(C), アーキテクチュア(A), トポロジー(T) & 同族スーパーファミリー(H)）に分類しています。例として、TIMバレル型のドメイン構造の場合、 C:3 （αβ型構造） A:20（バレル型） T:20（TIMバレル型） に分類されています。 |
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Copyright: 長野 希美, 科学技術振興機構（JST） & 産業技術総合研究所（AIST） |